Image Data Analysis

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Veröffentlichungen

29. Februar 2024 / Nat Protoc

Modular segmentation, spatial analysis and visualization of volume electron microscopy datasets

• A. Müller
• D. Schmidt
• J.P. Albrecht
• L. Rieckert
• M. Otto
• L.E. Galicia Garcia
• G. Fabig
• M. Solimena
• M. Weigert

25. Dezember 2023

ACTIS: improving data efficiency by leveraging semi-supervised augmentation consistency training for instance segmentation

• J.L. Rumberger
• J. Franzen
• P. Hirsch
• J.P. Albrecht
• D. Kainmueller

01. Dezember 2022 / Nat Methods

RS-FISH: precise, interactive, fast, and scalable FISH spot detection

• E. Bahry
• L. Breimann
• M. Zouinkhi
• L. Epstein
• K. Kolyvanov
• N. Mamrak
• B. King
• Xi Long
• K.I.S. Harrington
• T. Lionnet
• S. Preibisch

19. Mai 2022 / Front Cell Dev Biol

PyZebraScope: an open-source platform for brain-wide neural activity imaging in zebrafish

• R. Barbara
• M. Nagathihalli Kantharaju
• R. Haruvi
• K. Harrington
• T. Kawashima

10. Februar 2022 / Front Comput Sci

LABKIT: labeling and segmentation toolkit for big image data

• M. Arzt
• J. Deschamps
• C. Schmied
• T. Pietzsch
• D. Schmidt
• P. Tomancak
• R. Haase
• F. Jug

01. Januar 2022 / J Cell Sci

The histone H4 lysine 20 demethylase DPY-21 regulates the dynamics of condensin DC binding

• L. Breimann
• A.K. Morao
• J. Kim
• D.S. Jimenez
• N. Maryn
• K. Bikkasani
• M.J. Carrozza
• S.E. Albritton
• M. Kramer
• L.A. Street
• K. Cerimi
• V.F. Schumann
• E. Bahry
• S. Preibisch
• A. Woehler
• S. Ercan

01. Januar 2022

Mathematical and bioinformatic tools for cell tracking

• P. Hirsch
• L. Epstein
• L. Guignard

01. Oktober 2021 / Biosystems

Complex population dynamics in a spatial microbial ecosystem with Physarum polycephalum

• L. Epstein
• Z. Dubois
• J. Smith
• Y. Lee
• K. Harrington

01. Februar 2021 / J Cell Biol

3D FIB-SEM reconstruction of microtubule-organelle interaction in whole primary mouse β cells

• A. Müller
• D. Schmidt
• C.S. Xu
• S. Pang
• J.V. D'Costa
• S. Kretschmar
• C. Münster
• T. Kurth
• F. Jug
• M. Weigert
• H.F. Hess
• M. Solimena

10. Januar 2021 / Lect Notes Comput Sci

DenoiSeg: joint denoising and segmentation

• T.O. Buchholz
• M. Prakash
• D. Schmidt
• A. Krull
• F. Jug

Nachrichten

Institut & Campus 15. Dezember 2022

Pixel mit Geschichten

Die Technologie-Plattform „Image Data Analysis“ hat eine neue Leiterin: Deborah Schmidt und ihr Team stellen Software bereit, die Bilddaten aus der Biomedizin, Materialwissenschaften oder Umweltforschung verarbeitet – das lohnt sich für die gesamte Helmholtz-Gemeinschaft.

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